LPMU (Internal Quality Assurance/IQA) adalah organ universitas yang merupakan unsur legal, pengawasan dan penjaminan mutu yang bertanggung jawab membantu pimpinan universitas di bidang penjaminan mutu. Untuk peran penjaminan mutu, LPMU berkoordinasi dengan Unit Penjaminan Mutu (Quality Assurance Unit) di tingkat Fakultas dan Gugus Kendali Mutu (Quality Control Circle) di tingkat Program Studi dan/atau Unit pendukung 

UPJ menerapkan sistem penjaminan mutu dalam upaya peningkatan mutu secara berkelanjutan. Penerapan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) dan Sistem Penjaminan Mutu Eksternal (SPME merupakan wujud pertanggungjawaban dalam mencapai tujuan untuk mendapatkan kepercayaan dari seluruh pemangku kepentingan dan peningkatan mutu karya-karya UPJ dalam penyelenggaraan Tri Dharma Perguruan Tinggi. 

Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) dilaksanakan secara periodik dalam periode yang lebih pendek dari Sistem Penjaminan Mutu Eksternal (SPME) untuk peningkatan mutu secara berkelanjutan agar pencapaian dan standar mutu internal senantiasa dapat ditingkatkan sehingga melampaui standar mutu eksternal. Lingkup sistem penjaminan mutu UPJ meliputi bidang akademik dan non akademik yaitu terkait proses maupun hasil penyelenggaraan bidang-bidang tersebut. Sistem penjaminan mutu diterapkan melalui perencanaan, penerapan, pengendalian dan pengembangan standar mutu secara konsisten dan berkelanjutan. 

Sistem Penjaminan Mutu Eksternal (SPME) UPJ dilaksanakan oleh UPJ melalui sertifikasi mutu, akreditasi dan keikutsertaan dalam pemeringkatan universitas. Sertifikasi, akreditasi dan pemeringkatan dimaksudkan untuk mendorong peningkatan kuantitas dan mutu kontribusi karya-karya Tri Dharma Perguruan Tinggi bagi masyarakat luas, mendorong peningkatan capaian dan standar mutu program studi dan institusi serta mengetahui tingkat kredibilitas dan reputasi penyelenggara program studi dan institusi secara terukur dan independen; juga meningkatkan kepercayaan dari seluruh pemangku kepentingan.